Boekhoudsoftware voor Webshops 2026: Top 5 Vergeleken

Stel: een webshop met 300 orders per maand die alles handmatig boekt — elke Mollie-betaling apart overtypen, BTW per land uitrekenen in Excel, retouren bijhouden in een notitieblok.

Het probleem is dan meestal niet dat het de verkeerde boekhoudsoftware is, maar dat het generieke boekhoudsoftware is die niet gebouwd is voor de specifieke uitdagingen van een webshop: automatische orderverwerking, betaalkoppelingen met Mollie of MultiSafepay, BTW over landsgrenzen, en correcte verwerking van retouren. Gewone boekhoudsoftware mist daar genoeg functies om het pijnlijk te maken.

In dit artikel vergelijken wij de vijf beste opties specifiek voor webshops. Per platform — Shopify, WooCommerce, Lightspeed — geven wij ook advies welke software het best aansluit.

Geen tijd voor het hele verhaal? Hier de korte versie:

💡 Op zoek naar de complete vergelijking? Lees beste boekhoudprogramma 2026 — het hoofdoverzicht met 13 boekhoudpakketten op prijs, btw-aangifte en koppelingen.

Kort antwoord: Boekhoudsoftware webshops 2026: Exact Online, Moneybird, SnelStart en Jortt vergeleken op koppelingen, BTW-splits en webshopplatform-advies.

Exact Online heeft de meest uitgebreide Shopify-koppeling via de Shopify App Store, inclusief automatische orderimport en BTW-splits. Moneybird is een goede tweede voor kleinere Shopify-shops via de koppelingen van partners als Combidesk en Webwinkelfacturen.nl. Voor startende webshops op Shopify is Moneybird het meest betaalbaar en gebruiksvriendelijk.

Wat maakt boekhoudsoftware voor webshops anders?

Voordat wij de top 5 bespreken, eerst waarom je als webshophouder andere eisen stelt aan boekhoudsoftware dan een consultant of dienstverlener. De meeste artikelen over boekhoudsoftware gaan over ZZP’ers — lees ook onze vergelijking van de beste boekhoudsoftware voor ZZP’ers — maar een webshop heeft specifieke uitdagingen.

1. Automatische orderverwerking

Als je vijftig orders per dag hebt, kun je die niet handmatig invoeren. Je hebt een directe koppeling nodig tussen je webshopplatform (Shopify, WooCommerce, Lightspeed) en je boekhoudsoftware. Die koppeling importeert orders automatisch als verkoopfacturen, matcht betalingen en verwerkt kortingscodes correct.

Hoe goed die koppeling werkt, verschilt enorm per softwarecombinatie. Dat is de belangrijkste factor in dit artikel.

2. Betaalprovider koppeling: Mollie en MultiSafepay

De meeste Nederlandse webshops gebruiken Mollie of MultiSafepay als betaalprovider. Je boekhoudsoftware moet de betalingen van die provider kunnen importeren en koppelen aan de juiste facturen. Zonder die koppeling ben je uren bezig met afletteren.

Niet alle boekhoudsoftware heeft een directe koppeling. Sommige pakketten vereisen een tussenstap via Zapier of handmatige CSV-import — dat werkt, maar kost extra tijd en geld.

3. BTW-split: Nederland, EU en buiten-EU

Dit is waar het voor veel webshophouders mis gaat. In Nederland bereken je 21% of 9% BTW. Maar als je verkoopt aan consumenten in andere EU-landen, moet je per land de juiste BTW berekenen en afdragen via de OSS-regeling (One Stop Shop). Verkoop je buiten de EU? Dan gelden er andere regels.

Goede boekhoudsoftware voor webshops kan deze BTW-split automatisch bijhouden en de OSS-aangifte ondersteunen. Niet alle pakketten doen dit even goed.

4. Voorraadbeheer

Niet elk boekhoudpakket heeft voorraadbeheer ingebouwd. Als je fysieke producten verkoopt, heb je inzicht nodig in je voorraad — niet alleen voor je bedrijfsvoering, maar ook voor je jaarrekening (de waarde van je voorraad is onderdeel van je balans).

Je kunt voorraadbeheer ook in een apart systeem doen en koppelen, maar een ingebouwde oplossing scheelt een extra koppeling en kosten.

5. Retourverwerking

Retouren zijn een realiteit in e-commerce. Een retour betekent een creditnota, een terugbetaling via je betaalprovider, en een aanpassing van je voorraad. Goede boekhoudsoftware verwerkt dit in één flow. Slechte software vereist meerdere handmatige stappen en verhoogt de kans op fouten in je BTW-aangifte.

Top 5 boekhoudsoftware voor webshops

1. Exact Online — de beste koppelingen, voor serieuze webshops

Exact Online is de duurste optie in dit lijstje, maar ook de meest complete. Voor webshops met ambitie — of webshops die al een bepaalde omvang hebben bereikt — is het de standaard waaraan andere software wordt afgemeten.

Lees ook onze uitgebreide Exact Online review 2026 voor een compleet beeld.

Koppelingen: Exact heeft directe integraties met Shopify, WooCommerce en Lightspeed. De Shopify-koppeling via de App Store importeert orders, betalingen en retouren automatisch. De WooCommerce-koppeling vereist een plugin maar is solide en breed gedocumenteerd. Lightspeed heeft een speciale samenwerking met Exact — de koppeling is het sterkst van alle opties in dit artikel.

Mollie en MultiSafepay: Beide betaalproviders hebben een native Exact Online-koppeling. Betalingen worden automatisch geïmporteerd en gematcht met facturen. MultiSafepay biedt zelfs een speciale Exact-module die ook omzetrapportages synchroniseert.

BTW: Exact Online biedt de meest uitgebreide OSS-ondersteuning van alle pakketten hier. Je kunt per land aparte BTW-tarieven instellen, en de software genereert automatisch de OSS-aangifte. Voor webshops die internationaal verkopen is dit een grote tijdsbesparing.

Voorraadbeheer: Ingebouwd, en uitgebreider dan bij concurrenten. Je kunt inkooporders aanmaken, voorraadlocaties beheren en automatische meldingen instellen bij lage voorraad.

Retourverwerking: Creditnota’s worden automatisch aangemaakt vanuit de Shopify- en Lightspeed-koppelingen bij geregistreerde retouren. BTW-correctie gaat mee.

Nadelen: De prijs. Exact Online begint bij €49/maand voor het Essentials-plan, maar voor een volwaardige webshop-setup (inclusief voorraadbeheer en de betere rapportages) zit je al snel op €99/maand of meer. Bovendien klagen gebruikers op Trustpilot over de support en de complexiteit van de interface. Voor een startende webshop is dit overkill.

Prijs:

• Essentials: €49/mnd
• Plus: €99/mnd
• Advanced: op aanvraag

Geschikt voor: Webshops met 100+ orders/maand, internationale verkoop, Lightspeed-gebruikers, bedrijven die ook een boekhouder of accountant inschakelen.

2. Moneybird — de populairste keuze bij kleinere webshops

Moneybird is verreweg het meest gebruikte boekhoudpakket onder kleine Nederlandse webshophouders. De interface is clean, de leercurve is klein en de koppeling met Shopify werkt voor de meeste startende shops prima.

Koppelingen: Moneybird noemt op zijn koppelingenpagina Shopify-koppelingen van partners (Combidesk en Webwinkelfacturen.nl) en WooCommerce-koppelingen van Combidesk, ExtensionTree, Tussendoor en Webwinkelfacturen.nl. Omdat die koppelingen door verschillende partijen worden gebouwd, verschillen ze in werking en prijs — vergelijk ze goed voor jouw specifieke setup.

Mollie: Directe koppeling, goed gedocumenteerd. MultiSafepay werkt via Zapier of handmatige import — minder ideaal als je veel volume hebt.

BTW: OSS wordt ondersteund, maar de instelling vereist wat handmatig werk. Voor webshops die voornamelijk in Nederland verkopen met af en toe een buitenlandse order is dat geen probleem. Verkoop je structureel in meerdere EU-landen, dan wordt het beheer bewerkelijker dan bij Exact Online.

Voorraadbeheer: Niet ingebouwd. Je hebt een apart systeem nodig of je bijhoudt je voorraad buiten Moneybird om.

Retourverwerking: Creditnota’s kun je handmatig aanmaken en koppelen aan de originele factuur. De Shopify-koppeling importeert retouren niet automatisch — dat is een minpunt als je relatief veel retouren verwerkt.

Nadelen: Trustpilot-score van 2,4/5 (238 reviews, peildatum 24 september 2026) — de klachten gaan voornamelijk over prijsverhogingen en over het vervallen van het gratis plan. De hogere plannen krijgen betere reviews. Geen voorraadbeheer. Beperkte OSS-automatisering.

Prijs:

• Compact: €3/mnd (1 factuur, 5 transacties — te beperkt voor een webshop)
• Start: €15/mnd (20 transacties, géén bankkoppeling)
• Groei: €29/mnd (50 transacties, 5 bankkoppelingen, 5 gebruikers)
• Compleet: €41/mnd (onbeperkt)

Bij jaarbetaling circa 20% minder. Het gratis plan is vervallen; wel 60 dagen gratis proberen op Compleet.

Voor de meeste kleine webshops is het Groei-plan toereikend.

Geschikt voor: Webshops met 10–100 orders/maand, Shopify-gebruikers die het eenvoudig willen houden, shops die voornamelijk in Nederland verkopen.

3. e-Boekhouden.nl — de beste prijs-kwaliteit

e-Boekhouden is niet de meest sexy software, maar het is wel een pakket dat in de praktijk doet wat het moet doen (de actuele Trustpilot-score vind je op het profiel van de aanbieder): het werkt, de support is goed, en de prijs is eerlijk.

Koppelingen: e-Boekhouden heeft koppelingen met Shopify en WooCommerce, maar die zijn minder soepel dan bij Exact of Moneybird. De Shopify-koppeling werkt via een externe app. Voor WooCommerce zijn er meerdere plugins beschikbaar, met wisselende kwaliteit. Zapier-koppelingen vullen de gaten op, maar dat kost extra tijd bij de setup.

Mollie: Directe koppeling beschikbaar. MultiSafepay werkt via handmatige import of Zapier.

BTW: e-Boekhouden verzamelt volgens de eigen webshoppagina de cijfers voor de OSS-melding; die melding dien je zelf in via Mijn Belastingdienst Zakelijk.

Voorraadbeheer: Niet ingebouwd. Vergelijkbaar met Moneybird.

Retourverwerking: Handmatige creditnota’s, geen automatische import vanuit webshopplatformen.

Nadelen: De interface is functioneel maar gedateerd. Koppelingen zijn minder solide dan bij Exact of Moneybird. Geen voorraadbeheer.

Prijs:

• ZZP Pakket: €9,95/mnd (max. 240 boekingen, onbeperkt factureren)
• Standaard: €14,50/mnd (onbeperkt boekhouden, zonder factureren)
• Standaard + Factureren: €24,00/mnd (onbeperkt boekhouden én factureren)
• Starters krijgen 15 maanden gratis

Geschikt voor: Startende webshops die het budget beperkt willen houden, shops met een eenvoudige administratie en weinig internationale orders, ondernemers die goede telefonische support waarderen.

Bekijk e-Boekhouden →

4. SnelStart — de slimste keuze als je ook voorraad beheert

SnelStart is een Nederlands boekhoudpakket uit Alkmaar, opgericht in 1982, en wordt volgens SnelStart door 165.000 ondernemers gebruikt (snelstart.nl/over-ons, 16 september 2026). Voor webshops is het bijzondere aan SnelStart het ingebouwde voorraadbeheer — een functie die je bij Moneybird en e-Boekhouden mist.

Koppelingen: SnelStart heeft koppelingen met de meeste populaire webshopplatformen, maar de kwaliteit varieert. De WooCommerce-koppeling is via een externe plugin beschikbaar. Voor Shopify zijn er koppelingen via de SnelStart App Store of via Zapier. Controleer altijd actuele beschikbaarheid — het koppelingslandschap bij SnelStart verandert regelmatig.

Mollie: Koppeling beschikbaar via de SnelKoppeling-module. MultiSafepay werkt via handmatige export/import of Zapier.

BTW: Standaard Nederlandse BTW-administratie is goed geregeld. OSS-ondersteuning is aanwezig maar minder volledig geautomatiseerd dan bij Exact Online.

Voorraadbeheer: Dit is het grote onderscheidende voordeel van SnelStart. Je kunt artikelen aanmaken met inkoopprijs, verkoopprijs en voorraadlocatie. De voorraad wordt bijgewerkt bij in- en verkopen. Voor shops met een assortiment tot ongeveer 500 artikelen werkt dit uitstekend. Daarboven wordt het beheer bewerkelijker.

Retourverwerking: Creditnota’s en voorraadcorrectie kunnen in één flow worden verwerkt. De koppeling met webshopplatformen verwerkt retouren niet automatisch — dat is nog een handmatige stap.

Nadelen: De interface is iets minder modern dan Moneybird. Koppelingen zijn minder soepel dan bij Exact. Het gratis plan heeft beperkte functies.

Prijs:

• Gratis basisplan
• inKaart: €22/mnd (btw-aangifte en bankkoppeling)
• inZicht: €54/mnd (orderbeheer en kostenverdeling); ingebouwd voorraadbeheer zit pas in inControle/inHandel (offerte)

Probeer SnelStart gratis — het gratis plan is een goede manier om te zien of de software bij je past.

Geschikt voor: Webshops die ook fysiek verkopen (omnichannel), shops met een eigen voorraad die ze zelf beheren, WooCommerce-gebruikers met voorraadbeheer als prioriteit.

5. Jortt — de simpelste optie voor kleine webshops

Jortt past bij zijn doelgroep (de actuele Trustpilot-score vind je op het profiel van de aanbieder): voor zijn doelgroep — kleine ondernemers die snel en eenvoudig willen boekhouden — doet het precies wat het moet doen.

Koppelingen: Jortt heeft een Shopify-koppeling beschikbaar. WooCommerce-integratie is beperkt — Zapier is hier de meest gebruikte oplossing. Voor webshops met veel volume en complexe koppelingen is Jortt niet de juiste keuze.

Mollie: Koppeling beschikbaar. MultiSafepay werkt via handmatige import.

BTW: Standaard BTW-aangifte is goed geregeld. OSS-ondersteuning is beperkt — voor structurele EU-verkopen is Jortt niet ideaal.

Voorraadbeheer: Niet aanwezig.

Retourverwerking: Handmatige creditnota’s. Geen automatische koppelingen met webshopplatformen voor retouren.

Nadelen: Beperkte koppelingen. Geen voorraadbeheer. Beperkte OSS-ondersteuning. Niet geschikt voor webshops met hoog volume of complexe administratie.

Prijs:

• Starter: gratis (basisfuncties, beperkt)
• ZZP: €21,95/mnd
• MKB: €29,95/mnd
• Plus: €39,95/mnd

Bedragen exclusief btw (prijs gecontroleerd 11 september 2026). Nieuwe klanten krijgen 30 dagen gratis en daarna drie maanden €9,95/mnd.

Start gratis met Jortt — ideaal om de software te testen zonder verplichtingen.

Geschikt voor: Startende webshops met weinig orders, ondernemers die maximale eenvoud willen, Shopify-starters die nog groeien naar meer volume.

Vergelijking: welke software past bij welk webshopplatform?

De combinatie van webshopplatform en boekhoudsoftware bepaalt voor een groot deel hoe soepel je administratie loopt. Hieronder ons advies per platform.

Shopify → Exact Online of Moneybird

Shopify heeft de beste koppelingen met zowel Exact Online als Moneybird. Voor beide pakketten zijn Shopify-koppelingen beschikbaar; bij Moneybird worden die gebouwd door partners als Combidesk en Webwinkelfacturen.nl. Ons advies:

• Shopify + Exact Online: Kies dit als je meer dan 100 orders/maand hebt, internationaal verkoopt of een boekhouder inschakelt. De koppeling is solide, OSS wordt volledig ondersteund en retouren worden automatisch verwerkt.
• Shopify + Moneybird: Kies dit als je kleiner bent (10–100 orders/maand) en zelf de boekhouding doet. Eenvoudiger in gebruik, betaalbaarder, en de Shopify-koppeling werkt prima voor dit volume.

Bekijk Shopify →

WooCommerce → Moneybird of e-Boekhouden

WooCommerce heeft geen officiële App Store zoals Shopify, wat betekent dat de kwaliteit van koppelingen meer varieert. Ons advies:

• WooCommerce + Moneybird: De beste optie voor de meeste WooCommerce-webshops. Er zijn meerdere goed onderhouden plugins beschikbaar. Check voor aanschaf de reviews van de specifieke plugin op je WooCommerce-versie.
• WooCommerce + e-Boekhouden: Goede tweede optie als budget een prioriteit is. Iets meer handmatig werk bij de setup, maar daarna stabiel. Goede optie als je al via telefonische support wil kunnen schakelen.
• WooCommerce + SnelStart: Aanbevolen als je voorraadbeheer nodig hebt zonder te investeren in een apart systeem.

Bekijk WooCommerce →

Lightspeed → Exact Online

Lightspeed heeft een speciale samenwerking met Exact Online. De koppeling is bidirectioneel — niet alleen orders en betalingen, maar ook producten en voorraden worden gesynchroniseerd. Voor webshops op Lightspeed is Exact Online eigenlijk de enige logische keuze als je een volwaardige boekhoudkoppeling wil. De andere pakketten in dit lijstje hebben geen native Lightspeed-integratie.

Vergelijkingstabel: alle functies op een rij

Onze aanbeveling: zo kies je

Na al deze vergelijkingen wil je waarschijnlijk weten: wat moet ik nou kiezen? Hier is ons eerlijke advies, gebaseerd op situatie:

Startende webshop, budget beperkt, kleine volumes: Begin met Jortt (gratis) of e-Boekhouden (€9,95/mnd). Beide werken goed voor kleine aantallen orders en eenvoudige administraties. Je kunt later altijd overstappen.

Groeiende webshop, 20–100 orders/maand, Shopify of WooCommerce: Moneybird is de meest logische keuze. Goede koppelingen met de populairste platforms, betaalbaar, en gebruiksvriendelijk genoeg om zelf bij te houden. Begin met het Groei-plan.

Webshop met voorraadbeheer als prioriteit, WooCommerce: Kijk serieus naar SnelStart. Het ingebouwde voorraadbeheer scheelt een aparte tool en een extra koppeling. Voor orderbeheer kom je bij inZicht (€54/mnd) uit; volwaardig voorraadbeheer vergt een inControle- of inHandel-offerte — reken dat eerlijk mee in de vergelijking.

Professionele webshop, 100+ orders/maand, internationale verkoop of Lightspeed: Exact Online is de enige echte keuze. De hogere prijs is gerechtvaardigd door de betere koppelingen, volledige OSS-ondersteuning en automatische retourverwerking. Zeker als je een boekhouder inschakelt, zal die blij zijn met Exact.

Zie ook de keuzehulp boekhoudsoftware om op basis van je situatie direct een aanbeveling te krijgen.

Conclusie

De juiste boekhoudsoftware voor jouw webshop hangt af van drie factoren: je volume (orders per maand), je platform (Shopify, WooCommerce of Lightspeed) en je behoefte aan voorraadbeheer.

Voor de meeste startende en groeiende Nederlandse webshops is Moneybird de beste combinatie van gebruiksgemak, koppelingen en prijs. Op Lightspeed of bij internationaal hoog volume is Exact Online de enige serieuze optie. En als je voorraadbeheer wil ingebouwd zonder extra kosten, verdient SnelStart een serieuze blik.

Probeer Moneybird gratis →

Bekijk ook het overzicht van alle boekhoudsoftware of gebruik de keuzehulp om snel te zien welk pakket het best aansluit bij jouw situatie. En als je naast boekhoudsoftware ook nadenkt over andere tools voor je webshop, vind je een compleet overzicht in ons artikel over de beste software voor webshops.

Prijzen gecheckt mei 2026. Controleer altijd de actuele tarieven op de websites van de aanbieders.

Externe bron: Belastingdienst — BTW info — onafhankelijke informatie over dit onderwerp.