Boekhoudsoftware Meerdere Bedrijven 2026: 6 beste opties

Boekhoudsoftware Meerdere Bedrijven 2026: 6 beste opties

Voor de meeste mkb-eigenaren met een holdingstructuur is Yuki via een vaste accountant de beste keuze, met automatische intercompany-boekingen en geconsolideerde rapportages; Yuki is alleen via een accountantskantoor verkrijgbaar. Doe je de boekhouding zelf met 2 tot 5 administraties, dan past Exact Online Boekhouden Plus. Heb je twee onafhankelijke eenmanszaken zonder onderlinge transacties, dan volstaan losse abonnementen bij Moneybird of e-Boekhouden.

In cijfers

  • We vergelijken 6 pakketten.
  • Van 5 pakketten hebben we een maandprijs die we in de afgelopen 90 dagen hebben gecontroleerd. De instapprijs loopt van €4 tot €58 per maand.
  • Prijzen gecontroleerd tussen 11 september en 5 oktober 2026, op de prijspagina's van de leveranciers.

Twijfel je welk pakket bij jou past? Doe de keuzehulp: een paar vragen, daarna een shortlist.

Instapprijs is het laagste maandbedrag bij onze laatste controle. Dat kan per gebruiker gelden, met of zonder btw, en bij jaarbetaling lager uitvallen. Wat een gratis pakket wel en niet kan, en de prijs per pakket, staan hieronder.

Dit artikel bevat commerciële links. Als je via zo'n link een product afneemt, kunnen wij commissie ontvangen zonder dat jouw prijs daardoor hoger wordt. Lees hoe wij geld verdienen · Hoe onze vergelijkingen tot stand komen.
Uitgelicht op deze pagina
Yuki (Nmbrs Accounting)
Vanaf €23,50/mnd
Bekijk Yuki (Nmbrs Accounting)

Disclosure: dit artikel bevat affiliate links. Als je via een link een abonnement afsluit, ontvangen wij een kleine vergoeding zonder dat het jou iets extra kost.

Een setup die vaker voorkomt dan je denkt: één holding, drie werk-BV’s en een persoonlijke holding van de partner voor een tweede activiteit. Voor elke entiteit een aparte Moneybird-administratie, elke maand vier keer dezelfde leverancier handmatig invoeren, en bij intercompany-facturen drie boekingen die telkens niet gematcht worden. Tijdsbesteding aan administratie: zes uur per week. Hoe kan dat beter?

Een pakket dat meerdere administraties in één omgeving beheert, zoals Yuki (nu Nmbrs Accounting) via een vaste accountant, haalt veel van dat dubbele werk weg: één dashboard, intercompany-boekingen en rapportages voor de holding. Of dat opweegt tegen de meerkosten ten opzichte van losse Moneybird Start-abonnementen (3 × €15 = €45), hangt af van je volume en van wat je kantoor rekent.

Niet elke ondernemer met meerdere bedrijven heeft dezelfde optimale keuze. In dit artikel bespreken we zes pakketten die multi-administratie ondersteunen, met realistische prijsvergelijking en advies per type structuur. Wil je eerst de basics? Lees dan onze boekhoudsoftware pillar.


Wanneer heb je multi-administratie-software nodig?

Vier scenario’s waarin losse software niet meer volstaat:

1. Holding-werk-BV structuur

Klassieke MKB-structuur: holding voor pensioenopbouw en risicospreiding, werk-BV voor de operationele activiteiten. Vereist intercompany-management fees, dividenduitkeringen en geconsolideerd jaarverslag.

2. Meerdere ondernemingen onder dezelfde eigenaar

Een aannemer met een bouwbedrijf en een onderhoudsbedrijf, of een consultant met een dienstverleningsbedrijf en een uitgeverij. Aparte BV’s of eenmanszaken die je samen wil overzien.

3. Concernstructuur met dochters

Middelgroot MKB met een holding en meerdere werkmaatschappijen voor verschillende businesslines, regio’s of merken. Vereist consolidatie-rapportages en complexere intercompany-administratie.

4. Franchise of vestigingsorganisatie

Onderneming met meerdere vestigingen die elk hun eigen administratie voeren maar onder één dak rapporteren. Bijvoorbeeld een retailer met 8 filialen of een horeca-keten.


Multi-administratie versus losse abonnementen: wanneer wat?

SituatieAanbeveling
2 onafhankelijke eenmanszakenLosse abonnementen
Holding + 1 werk-BVMulti-administratie pakket
3+ entiteiten in concernMulti-administratie verplicht
Franchise 5+ vestigingenMulti-administratie + consolidatie
2 BV’s zonder veel intercompanyLosse abonnementen of multi-admin

Vuistregel: vanaf 2 entiteiten met onderlinge transacties (intercompany) is multi-administratie aanzienlijk efficiënter. Bij volledig gescheiden ondernemingen kunnen losse abonnementen prima.


De 6 beste pakketten voor meerdere bedrijven

1. Yuki (Nmbrs Accounting) — beste voor MKB met accountant en holdings

Prijs: voor ondernemers Small €23,50, Medium €47, Large €82 en Unlimited €180 per maand (nmbrs.com, oktober 2026). Werk je via een accountant, dan rekent die een eigen tarief; het kantoor betaalt Nmbrs zelf €405 per maand plus €10,25 per administratie. Beste voor: MKB met holdingstructuur en vaste accountant

Yuki is de go-to-keuze voor MKB met meerdere BV’s. Automatische intercompany-boekingen, geconsolideerde rapportages, één dashboard voor accountant en eigenaar.

Sterke punten voor multi-administratie:

  • Automatische intercompany-boekingen
  • Geconsolideerde V&W en balans voor holdingrapportage
  • Automatische OCR-verwerking werkt over alle administraties
  • Sterke staffelkorting bij 3+ administraties
  • Eén accountantsdashboard voor alle entiteiten

Zwakke punten:

  • Alleen via accountantskantoor verkrijgbaar
  • Hogere instapkosten dan losse pakketten
  • Niet geschikt voor zelfstandig gebruik zonder accountant

Praktijkkosten: vraag je accountant naar het all-in maandbedrag voor holding en werk-BV. Dat tarief bepaalt het kantoor zelf.

Lees onze Yuki vs Reeleezee vergelijking of Yuki prijzen 2026.

2. Exact Online — beste voor middelgroot MKB en concerns

Prijs: Plus €99, Professional €159 en Premium €299 per maand excl. btw, elk met 2 administraties. Een extra administratie kost €20 (Plus), €21 (Professional) of €38 (Premium) per maand. Prijzen volgens exact.com, oktober 2026. Beste voor: Middelgroot MKB met meerdere BV’s, internationale activiteiten

Exact Online biedt diepgaande multi-administratie en consolidatie voor zelfstandig gebruik. Sterk in complexe concernstructuren met internationale entiteiten.

Sterke punten voor multi-administratie:

  • Volledig consolidatie-rapport (V&W, balans, kasstroom) over alle entiteiten
  • Multi-currency voor internationale dochters
  • Sterke toegangsrechten per administratie en gebruiker
  • Native fiscale eenheid BTW-ondersteuning
  • Sterke rapportage-functies voor management

Zwakke punten:

  • Hogere instapprijs voor 1-2 administraties
  • Steile leercurve
  • Modules vaak los geprijsd

Praktijkkosten: voor 3 administraties met Plus €119 per maand excl. btw (€99 plus één extra administratie).

Lees onze Exact Online review of Exact Online prijzen 2026.

3. SnelStart — beste budget-multi-administratie

Prijs: inKaart €22 per maand excl. btw, het eerste pakket dat je zelf afsluit; inBalans €39,50 en inZicht €54 Beste voor: Klein-middelgroot MKB met meerdere BV’s of eenmanszaken

Op de pakkettenpagina van SnelStart staat geen aparte licentie voor meerdere administraties. Vraag daarom na wat een extra administratie kost. Voor budgetbewuste eigenaren met 2-5 entiteiten is SnelStart een sterke keuze.

Sterke punten voor multi-administratie:

  • Lage instapprijs per pakket (inKaart €22 per maand excl. btw)
  • Eenvoudige overgang tussen administraties in interface
  • Inbegrepen: voorraadbeheer, projectadministratie per administratie
  • Goede branche-modules
  • Native ondersteuning voor verschillende rechtsvormen

Zwakke punten:

  • Beperkte automatische intercompany-functies
  • Consolidatie minder volwassen dan Exact Online
  • Mobiele app is functioneel

Lees onze SnelStart review.

Bekijk SnelStart →

4. Twinfield — beste voor accountantskantoren

Prijs: Extra Boekhouden €58, MKB Boekhouden €78,50 en Compleet Boekhouden €114,50 per maand, elk met 1 gebruiker en maximaal 5 administraties (prijspagina Wolters Kluwer). Werk je via je accountant, dan lopen de kosten vaak via het kantoor. Beste voor: Stichtingen, concerns en MKB die volledig via accountant werken

Twinfield is dominant in het accountantssegment. Voor MKB-eigenaren wier boekhouding volledig door accountantskantoor wordt gevoerd is dit vaak de standaardkeuze.

Sterke punten voor multi-administratie:

  • Sterke multi-administratie via accountantskantoor
  • Solide consolidatie-functies
  • Multi-currency
  • Standaard bij vrijwel alle Nederlandse accountants

Zwakke punten:

  • Verouderde interface voor zelfgebruik
  • Minder geautomatiseerd dan Yuki
  • Vooral via accountant verkrijgbaar

Lees onze Twinfield review of Twinfield alternatieven 2026.

5. Moneybird — beste voor losse kleine ondernemingen

Prijs: €15/maand per administratie Beste voor: Eigenaren met meerdere kleine onafhankelijke ondernemingen

Moneybird heeft geen ingebouwde multi-administratie maar werkt prima als je een aparte abonnement neemt per administratie. Voor 2-3 onafhankelijke kleine bedrijven is dat budgettair vergelijkbaar met multi-admin-pakketten.

Sterke punten:

  • Simpel te beheren per administratie
  • Heldere interface
  • Sterke individuele functionaliteit
  • Geen complexe leercurve

Zwakke punten:

  • Geen automatische intercompany
  • Geen consolidatie
  • Per administratie apart inloggen
  • Aparte facturatie en boekhouder-toegang per admin

Praktijkkosten: 3 administraties = €45/maand.

Lees onze Moneybird review.

Bekijk Moneybird →

6. AFAS — beste enterprise voor middelgrote concerns

Prijs: op aanvraag. AFAS rekent een maandbedrag op basis van het aantal medewerkers en geeft op verzoek een prijsindicatie. Beste voor: Middelgroot bedrijf met 50+ medewerkers, complexe concernstructuren

AFAS biedt complete enterprise-grade multi-administratie inclusief HR, salaris en boekhouding in één geïntegreerde suite.

Sterke punten voor multi-administratie:

  • Volledig geïntegreerde ERP/HR/Boekhouding
  • Sterke consolidatie en rapportages
  • Workflow-automatisering tussen entiteiten
  • Lange staat van dienst bij Nederlandse concerns

Zwakke punten:

  • Implementatiekosten pas bekend na een prijsindicatie op aanvraag
  • Lange implementatietijd (3-6 maanden)
  • Niet rendabel onder 50 medewerkers

Vergelijk: Exact Online vs AFAS.


Vergelijkingstabel: multi-administratie features

PakketPrijs (3 admins)IntercompanyConsolidatieFiscale eenheid BTWToegankelijk via
YukiSmall €23,50 tot Unlimited €180/mnd; via een accountant diens eigen tariefAutomatischJaJaAccountant
Exact Online Plus€119/mnd excl. btw (€99 plus 1 extra administratie)Half-automatischVolledigJaDirect + accountant
SnelStartinKaart €22/mnd excl. btw per pakket; extra administraties navragenHandmatigBeperktBeperktDirect + accountant
Twinfield€58/mnd (Extra Boekhouden, tot 5 administraties); consolidatie in Compleet, €114,50/mndHalf-automatischVolledigJaDirect + accountant
Moneybird Start (3x)€45/mndHandmatigNeeNeeDirect
AFASOp aanvraagVolledigVolledigVolledigEigen + partner

Welk pakket past bij welke structuur?

Structuur 1: Holding + 1 werk-BV

Aanbevolen: Yuki (via je accountant) of SnelStart

Voor de klassieke MKB-structuur is Yuki ideaal door de automatisering. Budget-bewuste eigenaren kiezen voor SnelStart.

Structuur 2: Holding + 2-3 werk-BV’s

Aanbevolen: Yuki of Exact Online Plus

Bij meerdere werk-BV’s wordt automatische intercompany-administratie cruciaal. Yuki of Exact Online beide sterk.

Structuur 3: 2 onafhankelijke eenmanszaken

Aanbevolen: 2x Moneybird of 2x e-Boekhouden

Geen intercompany, geen consolidatie nodig. Losse abonnementen prima en goedkoopst.

Structuur 4: Franchise met 5-15 vestigingen

Aanbevolen: Exact Online Plus of SnelStart

Multi-vestigingsadministratie met consolidatie. Exact Online voor sterkere rapportages, SnelStart voor budget.

Structuur 5: Internationaal concern (NL+BE+DE)

Aanbevolen: Exact Online Plus of Yuki

Multi-currency cruciaal. Exact Online voor zelfgebruik, Yuki via accountant met internationale partners.

Structuur 6: Familiebedrijf met persoonlijke holdings

Aanbevolen: Yuki of Exact Online

Vaak heeft elke vennoot een eigen persoonlijke holding (PH) plus de gezamenlijke werk-BV. Yuki beheert dit elegant.

Structuur 7: Vereniging met dochterstichting

Aanbevolen: SnelStart of Exact Online

Meerdere rechtsvormen (vereniging + stichting) met onderlinge financiering. Beide pakketten ondersteunen dit.


De vier kostenposten bij multi-administratie

1. Software-licentie

  • Per-administratie kosten kunnen oplopen
  • Een licentie voor meerdere administraties is vaak goedkoper dan losse abonnementen; reken het per pakket na
  • Vraag staffelkortingen bij 3+ administraties

2. Implementatie-eenmalig

  • Eenmalige kosten voor inrichting per administratie, als je dat laat doen
  • Migratie van een bestaand pakket: vraag een offerte bij je accountant of de leverancier
  • Bij Exact Online of AFAS hoger door complexere setup

3. Accountantskosten

  • Bij multi-administratie heeft accountant meer werk
  • Reken op 30-50% meer accountantsuren dan voor enkele administratie
  • Yuki houdt deze kosten in toom door automatisering

4. Maandelijkse beheerkosten

  • Tijd van eigenaar/penningmeester aan administratie
  • Bij 3 administraties zonder automatisering: 6-10 uur/maand
  • Met goede multi-admin-software: 2-3 uur/maand

Implementatieplan

Fase 1: structuur in kaart brengen (week 1-2)

  • Inventariseer alle administraties (rechtsvormen, omzet, transactievolume)
  • Identificeer alle intercompany-stromen (managementfees, leningen, intercompany-leveringen)
  • Stel doelen: zelfgebruik of accountant, mate van automatisering

Fase 2: pakketkeuze (week 2-3)

  • Vraag offertes bij 2-3 leveranciers
  • Vraag specifiek naar staffelkortingen voor multi-administratie
  • Kies pakket dat past bij grootste administratie + groeiplannen

Fase 3: inrichting (week 3-6)

  • Stel rekeningschema op (uniform over alle administraties voor consolidatie)
  • Configureer intercompany-rekeningen
  • Stel toegangsrechten per administratie en gebruiker in
  • Importeer relaties en openstaande posten per administratie

Fase 4: parallel draaien (week 6-10)

  • Verwerk eerste 4-6 weken in zowel oud als nieuw systeem
  • Test consolidatie-rapportages
  • Ontdek en corrigeer afwijkingen
  • Train alle stakeholders (eigenaar, penningmeester, accountant)

Fase 5: cut-over (week 10-12)

  • Definitieve overstap met read-only oude systemen
  • Eerste maandelijkse afsluiting volgens nieuwe procedure
  • Eerste consolidatie-rapportage produceren
  • Documentatie voor toekomstige overdracht

Ons advies per profiel

Klassieke MKB-eigenaar (holding + 1-2 werk-BV’s): kies Yuki via vaste accountant. Het all-in tarief spreek je met je kantoor af.

Doe-het-zelf MKB met meerdere BV’s: Exact Online Boekhouden Plus. Investeer in goede inrichting van rekeningschema en intercompany-mappings.

Budget-bewuste eigenaar: SnelStart, vanaf inKaart (€22 per maand excl. btw per pakket). Vraag na wat extra administraties kosten. Mist automatisering maar dekt de basis.

Eenmalige eenmanszaken zonder verband: losse Moneybird- of e-Boekhouden-abonnementen. Multi-administratie-pakket is overkill.

Middelgroot familiebedrijf met 20+ medewerkers: Exact Online Premium of AFAS. Investering verdient zich terug in efficiëntie.

Internationaal concern: Exact Online Plus voor multi-currency, of NetSuite voor enterprise.


Veelgemaakte fouten

Fout 1: losse abonnementen voor structuren met intercompany Bij elke intercompany-boeking moet je in twee systemen werken. Foutgevoelig en tijdrovend. Multi-admin verdient zich terug bij 50+ intercompany-boekingen per jaar.

Fout 2: rekeningschemas niet uniform Voor consolidatie heb je een uniform rekeningschema nodig. Verschillende grootboekrekeningen per administratie maken consolidatie haast onmogelijk.

Fout 3: fiscale eenheid BTW vergeten Bij fiscale eenheid voor BTW dien je één geconsolideerde aangifte in. Software die dit niet ondersteunt zorgt voor handmatig consolidatiewerk per kwartaal.

Fout 4: toegangsrechten te ruim instellen Niet elke gebruiker hoeft alle administraties te zien. Goede multi-admin-software laat je rechten per administratie en per module instellen. Stel dit direct goed in.

Fout 5: te lang wachten met overstap Veel ondernemers blijven hangen op losse pakketten “tot het echt niet meer gaat”. Overstappen kost gemiddeld 6-10 weken; uitstellen kost je continue tijdverspilling.


Conclusie

Voor de meeste Nederlandse MKB-eigenaren met holdingstructuur is Yuki via een vaste accountant de beste keuze: automatische intercompany-boekingen, geconsolideerde rapportages, één dashboard. Voor zelfstandige doe-het-zelvers met 2-5 administraties is Exact Online Boekhouden Plus de natuurlijke fit. Voor budget-bewuste eigenaren of eenvoudige structuren werkt SnelStart prima.

De grootste valkuil is te lang vasthouden aan losse abonnementen. Vanaf 2 entiteiten met onderlinge transacties verdient multi-administratie-software zich snel terug — vaak binnen 6-12 maanden door tijdwinst alleen.

Lees ook onze Yuki vs Reeleezee 2026, Yuki prijzen 2026 en Twinfield alternatieven 2026 voor diepere keuzeondersteuning.


Veelgestelde Vragen

Welke boekhoudsoftware is het beste voor meerdere bedrijven?

Voor MKB met holdingstructuur of meerdere BV's is Yuki of Exact Online de beste keuze. Yuki excelleert in geautomatiseerde verwerking met sterke intercompany-functies; Exact Online biedt diepgaande consolidatie en multi-administratie. Voor kleine VOF's of meerdere eenmanszaken is e-Boekhouden of SnelStart vaak voldoende en goedkoper.

Wat is het verschil tussen multi-administratie en consolidatie?

Multi-administratie betekent dat je meerdere bedrijven in één pakket beheert maar elk bedrijf heeft zijn eigen administratie en rapporten. Consolidatie betekent dat je de cijfers van alle bedrijven samenvoegt tot één geconsolideerd jaarverslag. Multi-administratie is technisch eenvoudiger; consolidatie is fiscaal-juridisch complexer en vereist sterke software.

Hoe verwerk ik intercompany-boekingen?

Intercompany-boekingen zijn transacties tussen je eigen BV's (bijv. de holding factureert managementfee aan de werk-BV). Goede multi-administratie-software boekt automatisch beide kanten: een vordering bij de leverancier en een schuld bij de afnemer. Yuki en Exact Online doen dit native; bij Moneybird of SnelStart moet je ze handmatig matchen.

Kost meerdere administraties per bedrijf extra?

Bijna altijd. Pakketten als SnelStart en e-Boekhouden rekenen per administratie een eigen abonnement (e-Boekhouden: ZZP Pakket €9,95, Standaard €14,50, Standaard + Factureren €24,00). Yuki en Exact Online hebben staffelkortingen vanaf 2-3 administraties. Bij Moneybird heb je een apart abonnement per administratie nodig. Bereken de totale kosten over alle administraties en niet per stuk.

Heb ik aparte boekhoudsoftware per bedrijf nodig?

Niet per se. Bij multi-administratie-software heb je meerdere bedrijven in één licentie, vaak goedkoper en altijd handiger dan losse abonnementen. Voor twee onafhankelijke eenmanszaken zonder verband kan losse software prima werken. Voor een holdingstructuur is multi-administratie altijd beter.

Wat is een goede oplossing voor een holding-werk-BV structuur?

Voor de klassieke holding-werk-BV-structuur is Yuki vrijwel ideaal: automatische intercompany-boekingen, geconsolideerde rapportages voor de holding, en je accountant beheert beide BV's in één dashboard. Alternatieven: Exact Online voor zelfgebruik en grotere structuren, SnelStart voor budgetbewuste eigenaren.

Hoe ga ik om met de fiscale eenheid voor BTW?

Bij een fiscale eenheid voor BTW dien je één geconsolideerde BTW-aangifte in voor alle BV's. Software moet dit ondersteunen: alle interne transacties tussen BV's binnen de fiscale eenheid mogen niet in de aangifte komen. Yuki, Exact Online en Twinfield ondersteunen dit native; bij andere pakketten moet je handmatig consolideren.

Welke software is het beste voor een franchise-organisatie?

Voor franchise-organisaties met 10+ vestigingen is Exact Online of NetSuite de beste keuze. Beide ondersteunen volledige multi-vestiging-administratie met geconsolideerde rapportages. Voor kleinere franchises (5-10 vestigingen) kan SnelStart ook werken.

Hoe verschilt boekhoudsoftware voor concerns van losse boekhouding?

Concern-boekhoudsoftware moet kunnen: (1) intercompany-boekingen automatisch verwerken, (2) consolideren naar één geconsolideerde jaarrekening, (3) multi-currency aankunnen voor internationale entiteiten, (4) toegangsrechten per administratie/gebruiker, (5) gemeenschappelijke crediteuren/debiteuren delen. Niet elk pakket kan dit allemaal.

Wat kost goede multi-administratie boekhoudsoftware?

Met losse abonnementen tel je per administratie op: Moneybird Start kost €15 per maand bij jaarbetaling, e-Boekhouden vanaf €9,95 per maand. Exact Online Plus kost €99 per maand excl. btw met 2 administraties; elke extra administratie kost €20 per maand. Yuki (nu Nmbrs Accounting) heeft pakketten voor ondernemers van €23,50 (Small) tot €180 (Unlimited) per maand; werk je via een accountant, dan rekent die een eigen tarief. AFAS en NetSuite gaan op aanvraag.

Uitgelicht op deze pagina
Yuki (Nmbrs Accounting) vanaf €23,50/mnd
Controleer de actuele prijs en voorwaarden bij de leverancier
Ga naar Yuki (Nmbrs Accounting)
WT
Geschreven en bijgehouden door
Uitgever van Bedrijfssoftwaregids.nl (WT Digital, Bergentheim). Vergelijkingen zijn gebaseerd op leveranciersbronnen, dagelijkse wijzigingsdetectie van prijzen en publieke gebruikerservaringen. Zo werken wij
Uitgelicht Yuki (Nmbrs Accounting) vanaf €23,50/mnd
Bekijk nu →